El 31 de julio de 2002 se decidió intervenir hasta el 10 de diciembre de 2003 el Hospital de Gastroenterología Carlos Bonorino Udaondo al comprobarse la existencia de un número de irregularidades en el funcionamiento del establecimiento médico. En esa oportunidad, entre las anomalías detectadas se mencionaba el funcionamiento de la Fundación para el Estudio y Tratamiento del Hígado (FUNDHIG), la que atendía pacientes dentro de los límites del Hospital con personal propio y sin contar con el acto administrativo que lo avalara y anormalidades en el trabajo de la Asociación Cooperadora.
Antes de finalizar el período de intervención dispuesto se decidió prorrogarlo hasta el 10 de diciembre de 2005, así como la labor del interventor designado, el doctor Rubén Edgardo Varaglia.
Sin embargo, y pese a la continuidad en la intervención, recientemente la Secretaría de Salud del Gobierno porteño decidió prorrogar por segunda vez consecutiva la intervención del Hospital hasta el 10 de diciembre de 2007. Según los fundamentos del decreto por el cual se dispuso esta medida "la prórroga es solicitada porque a la fecha se mantienen las circunstancias por las cuales se dispuso la referida intervención".
