Los jueces de la Cámara Federal de Casación Penal, Liliana Catucci, Eduardo Riggi y Mariano Borinsky de forma unánime, no hicieron lugar al pedido del Estado para ser tenidos como querellantes, lo que le permitiría ser parte de la causa y hasta impulsar medidas de prueba.
Se tuvo en cuenta que en la causa están imputados exfuncionarios, tales como los exsecretarios de transporte Ricardo Jaime y Juan Pablo Schiavi, incluso este último lo era al momento del hecho y renunció tras las fuertes críticas de familiares.
Al mes del accidente en el que 51 personas murieron en febrero de 2012; el juez federal Claudio Bonadío había aceptado al Estado como querellante, cuando aún no se habían definido los procesamientos, bajo el argumento que otorgarle ese rol al Gobierno “no es óbice para determinar y perseguir eventuales responsabilidades penales de sus funcionarios, que son personas físicas”.Pero un mes más tarde, se revocó esa decisión.
Por el accidente ferroviario hay28 imputados a juicio, entre ellos también lo están los exdirectivos de la firma TBA, la entonces concesionaria del Mitre y Sarmiento, y el motorman de la formación, Marcos Antonio Córdoba.